No futuro, o mundo encontra-se a beira da ruína, e a civilização está à beira da extinção. Qualquer esperança de um amanhã mais brilhante foi mascarada diante da incerteza de um escuro. Um homem, no entanto, acredita que pode fazer algo sobre isso. Um mascarado conhecido como o paradoxo, figura-chave para a viagem no tempo, deseja eliminar o flagelo que ele considera responsável por trazer o mundo a corrupção - O jogo de cartas Duel Monsters!, Paradox, está determinado a erradicar essa ameaça perigosa da história.
Em seu caminho estão três duelistas legendários que farão o que for necessário para salvar o que está na linha do tempo, seus amigos, sua família e o jogo que eles amam. Pela primeira vez, Yugi, Jaden e o Yusei irão se unir e lutar com todo o coração no duelo que vai decidir o passado, presente e futuro!