Yu-Gi-Oh! - O Filme conta a história de Yugi, um menino fascinado por um jogo de cartas extremamente popular. Acontece que, na verdade, não se trata de um simples jogo de cartas, pois ele contém antigos poderes místicos que podem mudar o curso da história. Enterrado nas profundezas das areias do Egito, um velho demônio despertou. Anúbis, que tinha sido derrotado pelo alter ego de Yugi - o Faraó - retornou para se vingar de Yugi e dominar o mundo! Conseguirão Yugi e seus amigos derrotar seu inimigo mais poderoso antes que o planeta desapareça nas areias do tempo?